數(shù)學(xué)建模是代謝工程研究的關(guān)鍵方法 之一.目前的代謝網(wǎng)絡(luò)建模工具在構(gòu)建代謝通量分析模型時,不能同時建立通量平衡分析(FBA)模型和<'13>C代謝通量分析(<'13>C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代謝模型,不利于信息共享.為了解決上述問題,作者基于Cytoscape插件開發(fā)了一種可視化代謝通量建模工具VFA,它擺脫了繁瑣、易出錯的文本建模方式,提供友好的圖形化用戶界面、方便的可視化建模功能,并能夠同時對代謝網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行FBA和<'13>C-MFA建模.VFA的代謝模型描述格式擴(kuò)展自系統(tǒng)生物學(xué)標(biāo)記語言(SBML),且與后者完全兼容,有利于平臺間的模型交換和共享.
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